Q-6-8. Local alignment


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Alignment 是生物序列(如 DNA 與蛋白質)分析的重要問題。輸入兩個字元序列,我們要將兩序列的字母依照原順序做一個對應,過程中可以將任一序列的某些位置加入空白。

以輸入 CTTAACTCGGATCAT 為例,以下是一個可能的 alignment(以 - 表示空白):

CTTAAC-T
CGGATCAT

以下也是一個可能的 alignment:

C---TTAACT
CGGATCA--T

alignment 的目的是要評估兩序列有多相似,我們會有一個評分機制。以下是一個例子:

  • 兩字母相同得 \(8\) 分
  • 相異得 \(-5\) 分
  • 字母與空白對應得 \(-3\) 分

給定評分機制並輸入兩序列,我們要計算 最大的 alignment 分數

Alignment 可分為 global alignment(輸入的序列整個要納入 alignment)與 local alignment(兩序列各選取連續的一段,長度可為 \(0\),來做 alignment)。

輸入兩字串,計算 local alignment 的最大分數。

輸入格式

第一行與第二行個有一個字串, 字串均只由 \(ATCG\) 四個字母組成, 長度不超過 \(500\)。

輸出格式

Local alignment 的最大分數。

範例輸入 1

ATATCTTAACTGG
CGCGGATCATAA

範例輸出 1

43

範例輸入 2

AAAACTGAGGG
GGCTATT

範例輸出 2

21

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